Un kiểm tra hoặc phân tích vi khuẩn cho phép bạn tìm và xác định vi khuẩn tham gia vào một nhiễm trùng.

Tùy thuộc vào vị trí lây nhiễm, có thể thực hiện một số phân tích:

• kiểm tra vi khuẩn học của nước tiểu hoặc ECBU
• kiểm tra vi khuẩn học của bán (xem văn hóa cuống)
• kiểm tra vi khuẩn học của dịch tiết âm đạo cổ tử cung ở phụ nữ
• kiểm tra vi khuẩn học của tinh trùng ở người
• kiểm tra vi khuẩn học của dịch tiết phế quản hoặc đờm
• kiểm tra vi khuẩn học của gạc họng
• kiểm tra vi khuẩn học của vết loét da
• kiểm tra vi khuẩn học của dịch não tủy (xem phần chọc thủng thắt lưng)
• kiểm tra vi khuẩn học của máu (xem cấy máu)

Loại kiểm tra này không được quy định một cách có hệ thống trong trường hợp nhiễm trùng. Thông thường, khi đối mặt với tình trạng nhiễm trùng có nguồn gốc vi khuẩn, bác sĩ kê đơn thuốc kháng sinh theo kinh nghiệm, có nghĩa là "ngẫu nhiên", điều này là đủ trong phần lớn các trường hợp.

Tuy nhiên, một số tình huống có thể yêu cầu lấy mẫu và phân tích vi khuẩn chính xác:

• nhiễm trùng ở một người suy giảm miễn dịch
• nhiễm trùng không chữa lành bằng thuốc kháng sinh (và do đó có thể kháng với loại thuốc kháng sinh đầu tiên được đưa ra)
• nhiễm trùng bệnh viện (xảy ra trong bệnh viện)
• nhiễm trùng nghiêm trọng có thể xảy ra
• ngộ độc thực phẩm tập thể
• nghi ngờ về bản chất vi rút hoặc vi khuẩn của nhiễm trùng (ví dụ trong trường hợp đau thắt ngực hoặc viêm họng)
• chẩn đoán một số bệnh nhiễm trùng như bệnh lao
• và vv